南大東空港は1997年に1500mの滑走路を持つモダンなデザインの新ターミナルとなりました。それまでは悪天候や横風に影響を受けやすく欠航が多かったため、機材の大型化に対応する空港として拡張整備したものです。南大東島と北大東島はどちらの島も断崖に囲まれているため、船からの人や物資の積み下ろしはクレーンでおこなっており、また、強風時には船が接岸できない自然環境の島において空路は重要な存在です。現在、航空機の就航はRACのDHC-8型が午前の便(那覇・南大東間)、午後の便(那覇・北大東経由南大東間)の1日2便が就航しており快適な空の旅が出来ます。